百萤实验:TF/TQ染料标记MMP和酪蛋白的肽序列及结果
材料和方法
所有肽均采用美国肽公司标准FMOC化学合成。一些TF肽是用FMOC-Lys(TF)-OH、FMOC-Asp(TF)-OH或FMOC-Glu(TF)-OH氨基酸制备的。在肽的标记中,用TF-NHS酯标记赖氨酸残基的N端氨基或ε-氨基。用TF马来酰亚胺或碘代乙酰胺标记巯基半胱氨酸残基。
TF1,TF2,TF3,TF4,TF5,TF6,TF7和TF8的酸、马来酰亚胺和NHS酯形式,以及FMOC-Lys(TF2-Boc)-OH,FMOC-Lys(TF3)-OH,FMOC-Asp(TF3)-OH,FMOC-Glu(TF3)-OH等均可从百萤生物获得。
所有的酶分析都是用从Sigma,R&D Systems,EMD Chemicals购买的纯化酶完成的。使用用日立U-3010拍摄了吸收光谱,终点荧光分析在BMG NovoStar或Gemini SpectraMax(分子设备)上进行,酶动力学分析在FlexStation分子设备上进行)。
Tide Fluor (TF)染料的光谱特性
我们的TF系列荧光标记染料覆盖了整个可见光谱,具有非常高的标记效率。例如,TF2的光谱特性与AF 488、FAM和FITC基本相同。在生理条件下或细胞内,它比荧光素亮3倍,耐光性高4倍。TF染料具有对pH4~pH10的pH波动不敏感的荧光,而FAM和FITC的荧光强度在同一范围内强烈依赖于pH值。
TF 染料 | Ex(nm) | Em(nm) | 可替代 |
TF1 | 353 nm | 442 nm | AF350, AMCA, EDANS |
TF2 | 498 nm | 520 nm | AF488; DL488, FITC, FAM, Cy2 |
TF3 | 560 nm | 575 nm | AF546, AF555, Cy3, DL549, TAMRA |
TF4 | 585 nm | 605 nm | AF594, DL594, Texas Red®, ROX |
TF5 | 650 nm | 670 nm | AF633, AF647, DL633, DL649, Cy5 |
TF6 | 685 nm | 700 nm | AF680, DL680, Cy5.5 |
TF7 | 755 nm | 780 nm | AF750, DL750, Cy7 |
TF8 | 785 nm | 800 nm | DL800, IRDye CW800 |
使用TF标记的FRET底物检测基质金属蛋白酶(MMP)活性
基质金属蛋白酶(MMPs)参与细胞外基质成分的降解,在细胞凋亡、胚胎发育、生殖组织重塑和修复中起重要作用。 百萤为大家筛选了以下基于TF的FRET底物,以检测MMP活性。
#Sub | 肽序列 | Ex | Em |
1 | TQ2-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaDab(5-FAM)-Ala-Lys-NH2 | 492 nm | 514 nm |
2 | TQ2-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaDab(TF2)-Ala-Lys-NH2 | 495 nm | 520 nm |
3 | TQ3-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaLys(TF3)-Ala-Lys-NH2 | 560 nm | 575 nm |
4 | TQ4-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaLys(TF4)-Ala-Lys-NH2 | 585 nm | 605 nm |
5 | TQ5-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaLys(FT5)-Ala-Lys-NH2 | 650 nm | 670 nm |
6 | TQ6-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaLys(FT6)-Ala-Lys-NH2 | 685 nm | 700 nm |
7 | TQ7-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaLys(TF7)-Ala-Lys-NH2 | 755 nm | 780 nm |
8 | TQ8-Gaba-Pro-Cha-Abu-Smc-His-AlaLys(TF8)-Ala-Lys-NH2 | 785 nm | 800 nm |
MMP活性的检测(续)
图1.以TF为基础的MMP底物与MMP-1(50units/ml)在室温下孵育15分钟。所有基质在5 uM的温度下使用,使用Sub#2的反应速度设定为 。用上表中分别列出的激发波长和发射波长测量荧光强度。
用TF标记酪蛋白底物检测通用蛋白酶活性
对各种蛋白酶活性的检测已成为许多生物实验室的常规任务。TF染料标记的酪蛋白缀合物被证明是广泛的蛋白酶的通用底物。在完整的底物中,酪蛋白被TF染料大量标记,导致了荧光猝灭。蛋白酶催化水解减轻了它的淬灭效应,产生荧光性很强的TF染料标记的肽段。TF染料标记肽荧光强度的增加与蛋白酶活性成正比。
#Sub | 肽底物 | Ex/Em | 相对Kcat/Km |
1 | TF1-Casein (~6 Dyes/Casein) | 492/514 nm | 98% |
2 | TF2-Casein (~6 Dyes/Casein) | 495/520 nm | 92% |
3 | TF3-Casein (~6 Dyes/Casein) | 560/575 nm | |
4 | TF4-Casein (~5 Dyes/Casein) | 585/605 nm | 73% |
5 | TF5-Casein (~5 Dyes/Casein) | 650/670 nm | 81% |
6 | TF6-Casein (~4 Dyes/Casein) | 685/700 nm | 76% |
7 | TF7-Casein (~4 Dyes/Casein) | 755/780 nm | 56% |
8 | TF8-Casein (~4 Dyes/Casein) | 785/800 nm | 43% |
图2. #3底物胰蛋白酶的蛋白水解裂解图。 在室温下将3号底物与胰蛋白酶一起孵育。对照孔仅具有蛋白酶底物,而没有胰蛋白酶。 使用FlexStation从时间0(添加胰蛋白酶时)开始检测荧光信号。
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