Cyber Gold核酸凝胶电泳染料
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Cyber Gold核酸凝胶染料远优于溴化乙锭或其它任何凝胶系统中使用的任何凝胶染料,包括琼脂凝胶和聚丙烯酰胺凝胶、天然凝胶、甲醛 凝胶、乙二醛凝胶和尿素凝胶等。它是最灵敏的dsDNA、ssDNA和RNA染料,可以使用标准的300 nm紫外透射仪观察结果,因此,您不使用昂贵的激光扫描仪也能获得很高的灵敏度。Cyber Gold核酸凝胶染料一旦结合核酸,荧光会增强1000倍以上,量子产率约为0.6。而EB仅为30倍,量子产量大约在0.15。因此,利用300 nm紫外透射仪和黑白成像,Cyber Gold检测凝胶中DNA和RNA的灵敏度比EB高5 到10倍以上。色如其名,可以观察到金色的条带。Cyber Gold染料可用于检测包括双链DNA,单链DNA和RNA,适用于琼脂糖凝胶电泳、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、单链构象多态性(SSCP)研究,以 及其他常规的分析。
实验方案
1.电泳后染色
1.1按常规方法制备琼脂糖凝胶,胶中不能含任何其他染料。
1.2把保存于DMSO中的10000X Cyber Gold 核酸凝胶电泳染料用TE或TBE 缓冲液 (PH 7.5-8)按1:10000稀释成1X Cyber Gold 核酸凝胶电泳染料(比如把10 μL Cyber Gold 用 TE or TBE 缓冲液稀释到100mL).
1.3染色: 用塑料容器装适量 1X Cyber Gold 染色液,染色液淹没凝胶即可。一般情况下,50mL染色液足以满足常规的小块凝胶,对于较大的凝胶,适量增加染色液用量,确保整块凝胶浸入液面下.
注意:染色容器不要使用玻璃器皿,因为染料会吸附在玻璃器皿的内壁,影响色效果。
1.4浸泡的凝胶室温下放置10到40分钟 (染色时间因凝胶浓度和厚度而定),用铝箔盖住容器或置于暗室避光,轻微摇动染色容器(50rpm),不需脱色处理。
1.5拍照时最好使用绿色滤光片。也可使用300 nm紫外照射透视仪或蓝光透射仪观察。通常爆光时间較其他的染料短。
2.Cyber Gold 脱色法
Cyber Gold 脱色可以通過簡單的乙醇核酸沉淀法把Cyber Gold染料从DNA或RNA中分离出来。超过97%的Cyber Gold染料只需一次乙醇核酸沉淀即可被清除。如果在加上醋酸銨到乙醇核酸沉淀步骤里,那么超过99%的染料可被清除。
2.1在Cyber Gold核酸样品加入以下三种盐之一,样品的最终浓度为:200mM NaCl,300 mM乙酸鈉(pH值5.2)或2 M的乙酸銨。混合均匀。
2.2加入两个容量的冰镇无水乙醇,混合均勻。放置在0℃(冰浴)30分钟。
2.3離心至少15分鐘,转速为10,000-12,000g。
2.4除去上清液,用70%乙醇清洗核酸沉淀。
2.5再次离心沉淀核酸,让核酸沉淀在空气中自然干燥,並根据需要重新溶于所需溶济中。