Ru Red核酸染料

Ru Red是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有独特涉及的荧光染料。在游离状态下，Ru Red发出微弱的荧光，但一旦与双链DNA结合后，荧光大大增强。因此，Ru Red的荧光信号强度与双链DNA的数量相关，可以根据荧光信号检测出PCR体系存在的双链DNA数量。Ru Red与 EB 有相同的光谱特性，无需改变滤光片及观察装置。标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用，使用与观察 EB 相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可，在 300 nm 紫外光附近可得到最佳激发。Ru Red的最大吸收波长约为518 nm，发射波长最大约为605 nm。Ru Red 与双链DNA的亲和力非常高，因此可以用做电泳前染色，对分子生物学中常用的酶（如：Taq 酶、逆转录酶、内切酶、T4连接酶等）没有抑制作用。另外，Ru Red 与EB相比，诱变能力大大降低。

Ru Red是高灵敏的DNA荧光染料，适用于各种电泳分析，操作简单：无须脱色或冲洗。至少可检出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。Ru Red 与dsDNA 结合荧光信号会增强800-1000倍，用Ru Red染色的凝胶样品荧光信号强，背景信号低。可适用于多种电泳分析。

Ru Red 适合于多种凝胶电泳方法：琼脂糖凝胶，聚丙烯酰胺凝胶电泳，脉冲电场凝胶电泳，和毛细管电泳等。Ru Red 核酸凝胶染液(Ru Red Nucleic Acid Gel Stains)是一种高敏感性的荧光染液，用于检测琼脂糖凝胶及聚丙烯酰胺凝胶中的双链DNA和寡核苷酸。当染液与核酸结合后，Ru Red 核酸凝胶染液的荧光信号会明显增强，因此经Ru Red 核酸凝胶染液染色的凝胶显示出非常好的信躁比，没有背景荧光。为获得最佳的结果，凝胶最好在跑胶后再进行染色。Ru Red 核酸凝胶染液用于低含量的PCR产物，凋亡研究及异源双链分析中少量DNA的检测较为理想。可应用于：DNA和RNA的检测；SSCP及异源双链分析。

实验方案

1.Ru Red预染方法

1.1该方法适用于琼脂糖凝胶电泳

1.2按照实验要求配制一定浓度的琼脂糖凝胶溶液并用微波炉或其他工具加热熔解。

1.3待加热后的琼脂糖凝胶溶液稍凉（约50-70℃），按1:10000比例加入Ru Red 原液摇匀（使Ru Red工作浓度为1 x）。

1.4倒胶固定，使自然凝固。

1.5加样、电泳，电泳程序根据实验要求。

1.6凝胶观测，成像分析。观测波长与EB相同，也可用SYBR or GelStar等滤光片成像，效果相同。

2.Ru Red后染方法

2.1按照常规方法进行电泳。

2.2用PH 7.0 - 8.5 的缓冲液（如：TAE，TBE 或 TE），按照3300：1的比例稀释Ru Red浓缩液，混匀，制成3X染色溶液。

2.3将3X染色溶液倒入合适的聚丙烯容器中，放入凝胶，用铝箔等盖住容器使染料避光。室温振荡染色10-30分钟，染色时间因凝胶浓度和厚度而定。聚丙烯酰胺凝胶直接在玻璃平皿上染色，将配好的工作溶液轻轻地倒在胶板上，让工作液均匀地覆盖整个胶板，并染色30分钟。玻璃平皿必须预先经过硅烷化溶液处理（避免染料吸附在玻璃表面上）。

2.4使用蓝光透照仪观测。蓝光可透过玻璃，观测聚丙烯酰胺凝胶时，可直接将托有凝胶的玻璃平皿放入蓝光透照仪内观测。可使用EB, SYBR 或GelStar记录成像系统。

3.Ru Red使用注意事项

3.1在"Ru Red预染色方法"中，电泳时间不要超过2小时，否则Ru Red会从DNA上分离出来，会产生弥散状条带。

3.2在常规用酒精沉淀核酸的过程中，Ru Red 可以全部从双链核酸上去掉。

3.3如果想对用 Ru Red 染过的胶进行 Southern blots，建议在预杂化和杂化溶液中加入 0.1%- 0.3% 的SDS。

3.4在紫外照射透视下，与双链 DNA 接合的 Ru Red 呈现红色荧光。

3.5Ru Red对玻璃和非聚丙烯材料具有一定亲合力。建议在稀释、贮存、染色等使用过程中用聚丙烯类容器。