JJ Red核酸染料

JJ Red是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。在游离状态下，JJ Red发出微弱的荧光，但一旦与双链DNA结合后，荧光大大增强。因此，JJ Red的荧光信号强度与双链DNA的数量相关，可以根据荧光信号检测出PCR体系存在的双链DNA数量。JJ Red的最大吸收波长约为497nm，发射波长最大约为520nm。

JJ Red是高灵敏的DNA荧光染料，适用于各种电泳分析，操作简单：无须脱色或冲洗。至少可检出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。JJ Red 与dsDNA 结合荧光信号会增强800-1000倍，用JJ Red染色的凝胶样品荧光信号强，背景信号低。可适用于多种电泳分析。

JJ Red适合于多种凝胶电泳方法：琼脂糖凝胶，聚丙烯酰胺凝胶电泳，脉冲电场凝胶电泳，和毛细管电泳等。

JJ Red与双链DNA的亲和力非常高，因此可以用做电泳前染色，对分子生物学中常用的酶（如：Taq 酶、逆转录酶、内切酶、T4连接酶等）没有抑制作用。另外，JJ Red与EB相比，诱变能力大大降低。

JJ Red核酸凝胶染液(JJ Red Nucleic Acid Gel Stains)是一种高敏感性的荧光染液，用于检测琼脂糖凝胶及聚丙烯酰胺凝胶中的双链DNA和寡核苷酸。当染液与核酸结合后，JJ Red 核酸凝胶染液的荧光信号会明显增强，因此经JJ Red 核酸凝胶染液染色的凝胶显示出非常好的信躁比，没有背景荧光。为获得最佳的结果，凝胶最好在跑胶后再进行染色。JJ Red 核酸凝胶染液用于低含量的PCR产物，凋亡研究及异源双链分析中少量DNA的检测较为理想。可应用于：DNA和RNA的检测；SSCP及异源双链分析。

实验方案

1.JJ Red预染方法

1.1该方法适用于琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳

1.2工作液的配制：用电泳缓冲液将10000×的JJ Red稀释10000倍，即为JJ Red工作液。JJ Red工作液可以置2-8℃冷藏一个月以上。

1.3制胶：按常规方法制胶，不含任何染料。

1.4样品染色：向分析样品中加入JJ Red工作液和载样缓冲液，室温放置10分钟，使JJ Red与样品中DNA充分结合。JJ Red工作液加入量为总上样量的1/10。

1.5DNA Marker染色：将5μL DNA Marker和1μL JJ RedⅠ工作液混匀，室温放置5分钟，使JJ Red与DNA充分结合。

1.6上样、电泳：按常规操作。

2.JJ Red后染方法

2.1按照常规方法进行电泳。

2.2用PH 7.0 - 8.5 的缓冲液（如：TAE，TBE 或 TE），按照3300：1的比例稀释JJ Red浓缩液，混匀，制成3X染色溶液。

2.3将3X染色溶液倒入合适的聚丙烯容器中，放入凝胶，用铝箔等盖住容器使染料避光。室温振荡染色10-30分钟，染色时间因凝胶浓度和厚度而定。聚丙烯酰胺凝胶直接在玻璃平皿上染色，将配好的工作溶液轻轻地倒在胶板上，让工作液均匀地覆盖整个胶板，并染色30分钟。玻璃平皿必须预先经过硅烷化溶液处理（避免染料吸附在玻璃表面上）。

2.4用蓝光透射仪观测。蓝光可透过玻璃，观测聚丙烯酰胺凝胶时，可直接将托有凝胶的玻璃平皿放入蓝光透射仪内观测。

3.JJ Red使用注意事项

3.1在"JJ Red预染色方法"中，电泳时间不要超过2小时，否则JJ Red会从DNA上分离出来，会产生弥散状条带。

3.2在常规用酒精沉淀核酸的过程中，JJ Red可以全部从双链核酸上去掉。

3.3如果想对用 JJ Red染过的胶进行 Southern blots，建议在预杂化和杂化溶液中加入 0.1%- 0.3% 的SDS。

3.4在紫外照射透视下，与双链 DNA 接合的 JJ Red呈现绿色荧光。如果胶中含有单链 DNA 则颜色为橘黄而不是绿色。

3.4JJ Red对玻璃和非聚丙烯材料具有一定亲合力。建议在稀释、贮存、染色等使用过程中用聚丙烯类容器。